Дело не в том знают они или не знают, количество вычитаемых налогов после изменения статуса осталось тем же, а вот ваш налоговый брекет изменился. Обычно такое "недоудержание" возникает тогда, когда ваши зарплаты сильно разнятся. Ведь что происходит, скажем вы получаете 60 тысяч, а ваш муж, 20. Бухгалтерия вычитает налоги в соответствии с индивидуальным брекетом каждого. После женитьбы/замужеcтва вычеты остаются неизменными, но когда вы заполняете ваш совместный RETURN, вы уже попадаете как минимум в следующий брекет, а там платить уже совсем другие деньги надо, вот отсюда ваш должок родному налоговому ведомству и возникает.